正常施用有机肥不会危险植物的根系，但更多的有机肥会灼伤根系。由于有机肥持久发酵，无机盐含量不低，过量施肥肯定会使根离子浓度过高，引起根灼伤景象，但不会灼伤植株。

　　由于有机肥效应不变和善，泥土溶化度变动相对缓慢，不会引起植物脱水和殒命;并且，经过高温分化发酵处置后，不像未经处置的农家肥，会呕吐发酵，使植物的根、须腐臭。

　　应加强透风，预防空气传染扩散。有机肥分化过程中产生的氨不能挥发。因而，必要增长放气频率和功夫，以便实时将氨气排出大棚，预防气害的产生。

　　增长保根肥料的施用，能够削减未成熟有机肥对根系的影响，生物菌肥等职能性肥料能够压抑根系病害的侵染。此表，还能增长泥土有机质含量，改善产品质量，推进光合作用，加强职业趋光性，植株壮实，有利于糖分的堆集，耽搁作物的保鲜期。